汉中市疾病预防控制中心

1、    采用主流二代测序平台。

2、    核酸提取的技术方案和要求

2.1 DNA 提取。核酸提取操作需符合试剂盒说明书的要求，提取后应进行质量测定。

2.2 核酸质量控制要求。DNA提取物OD260/OD280在1.7~1.9之间，OD260/OD230大于2。无蛋白质污染。保持DNA的完整性。

3．高通量测序技术指标

3.1 文库构建和测序方案。（1）根据自样品中提取的 DNA 量选择相应的建库试剂盒：起始总 DNA量在 10ng 以上采用普通建库试剂盒；总量在 100pg-10ng 之间，采用超微量 DNA建库试剂盒。（2）根据采用的测序系统的要求确定文库所需的片段化长度范围。根据不同建库试剂盒，可选用物理打断法或酶切打断法。

3.2 文库质量控制。（1）浓度：采用核酸荧光检测仪检测文库的浓度，建库后浓度满足不同测序仪上机文库的最低浓度标准。（2）纯度：合格的文库DNA，其OD260/OD280在1.75~2.0之间。（3）片段长度：文库片段大小为插入片段和接头序列的总长度，合格文库插入片段长度符合所选测序读长的需求；文库主峰明显、无杂峰、无接头、无引物二聚体。

3.3 测序及测序数据分析。利用高通量测序仪对构建的文库开展测序实验，采用测序读长≥100bp和双端测序模式。

3.4 测序质量控制。（1）数据量：PE100 及以上测序，高质量测序数据（Q20）≥1Gb。最终获得的单菌高质量测序数据需为所测细菌种属基因组长度的 100X 或以上。（2）准确度：Q30 比例≥85%。（3）去接头后连续为N的读序不纳入分析。

4．基因组组装技术要求。质量要求：以测序分析的目标基因组作为参照，测定样品基因组覆盖度≥95%；整体覆盖度≥100X；Scaffold 个数小于 100 个。

5、交付时间：从接收样品起1周内完成。

6、付款时间：2023年11月20日前